Un altro nucleo di strutture di età romana che ha suscitato interesse da parte di molteplici studiosi, è sicuramente quello che viene definito ad oggi come il “Secondo Complesso”, separata dalla Villa di Arianna da  uno stretto vicus (il vicus romano era un aggregato di case e terreni, sia rurale che urbano, appartenente a un pagus che non aveva alcun diritto civile come il municipium o la colonia romana), sul quale si aprono alcuni ambienti e finestre collocate sul ciglio del pianoro di Varano (il complesso presenta molte aree danneggiate a causa di frane a valle del ciglio della collina).

La villa fu esplorata nel 1762 dall’ingegnere svizzero, Karl Jakob Weber e successivamente nel 1775 dall’archeologo e artista spagnolo Pietro La Vega. Ad oggi presenta un’estensione di circa 1000 mq (superficie riportata alla luce sino ad ora) ed è caratterizzata sul lato meridionale da un peristilio con portico su tre lati, una serie di ambienti e un oecus (purtroppo non più visibili perché franati a valle). Quest’ultimo era un’ambiente recepito nella casa romana dalla tradizione ellenistico-orientale. Rappresentava una sala da banchetto e ricevimento, ma dalle proporzioni maggiori di quelle di una normale sala da pranzo e caratterizzata da un apparato decorativo più sontuoso, dava spesso sul verde del peristilio. Attraverso lo studio della pianta redatta in epoca borbonica dal La Vega, si evince che il peristilio fosse chiuso e presentava un finto portico ornato da semicolonne appoggiate alla parete.

Alle spalle di questo muro, era ubicato il quartiere termale, con un calidarium absidato sporgente nel peristilio e una piccola vasca rettangolare; un tepidarium con vasca e gradini; forse un laconicum, ovvero un piccolo ambiente molto riscaldato destinato al vero e proprio bagno di sudore. Questa stanza riceveva calore sia dalle condotte poste al disotto del pavimento, le cosiddette suspensurae, che da pareti perimetrali cave. Il calore proveniva da appositi ambienti detti praefurnia, nonché da bracieri posti nella stanza. Accanto al nucleo termale, era situata la cucina della dimora e una peschiera con vasca quadrata circondata da una canna di piombo con zampilli.

Particolare di questa villa è la diversità dei vari ambienti sia per caratteristiche che per decorazioni. Infatti, si compone di un nucleo più antico intorno al peristilio, con ambienti decorati a fondo nero in tardo III stile pompeiano (gran parte delle decorazioni parietali) e una parte più moderna, dovuta ad un ampliamento del complesso residenziale o all’unificazione con un’altra struttura preesistente.

La parte più antica, si articolava intorno al peristilio e ad una parte successiva, che può essere considerata come un ampliamento o, forse più probabilmente, come la fusione con un diverso edificio preesistente.
La decorazione del nucleo antico della villa è quasi del tutto scomparsa; nell’area nord occidentale, invece, le pareti sono ben conservate e presentano una decorazione a fondo nero. I pavimenti del complesso sono stati in gran parte portati via nel corso degli scavi borbonici ed inseriti nei pavimenti di alcune sale del Real Museo Borbonico, oggi Museo Archeologico Nazionale di Napoli (MANN).